A trajetória política de Elionaldo Maurício Magalhães Morais iniciou-se em 1982, quando foi eleito deputado estadual pelo PDS com 12.532 votos, ficando em 13° lugar dentre as vinte e quatro vagas em disputa.

Elionaldo Magalhães, nas eleições de 1986 foi candidato a reeleição pelo PFL obtendo 6.985 votos, porém, não obteve êxito naquele pleito.

Nas eleições de 1990, Elionaldo Magalhães foi eleito pela segunda vez para deputado estadual pelo PTB com 9.140 votos, ficando em 19° lugar dentre as vinte e sete vagas em disputa. Licenciado da Assembleia Legislativa, no início de 1992, ocupou a Secretaria da Indústria, do Comércio e do Turismo de Alagoas, no Governo de Geraldo Bulhões. Pouco depois, foi indicado para chefiar a Superintendência do Desenvolvimento do Nordeste (Sudene).

A eleição de 1994 ainda aconteceu no Governo de Geraldo Bulhões. Com uma gestão profundamente desgastada, o governador teve dificuldade em montar uma chapa para disputar o pleito. Inicialmente o candidato ao Governo do "Chapão"(PFL/PSC/PP/PPB) foi o deputado estadual Elionaldo Magalhães (PPB) e o deputado estadual Edval Gaia para vice. No decorrer do processo, o candidato a vice desiste e resolve ser candidato à reeleição. A chapa é registrada sem vice, e em virtude disso o TRE indeferiu a candidatura de Elionaldo Magalhães. O nome escolhido pelo governador, para substituir Elionaldo, foi o ex-prefeito de Maceió Pedro Vieira e o deputado estadual Daniel Houly para vice.

Elionaldo Magalhães, nas eleições de 1998 foi candidato ao senado da República pela coligação (PPB/PSC/PRTB/PSD/PRN/PL). Seis candidatos disputaram as duas vagas para o senado e Elionaldo foi o terceiro colocado com 35.721 votos (2,15%).

Após a eleição de 1998, Elionaldo Magalhães não voltou a concorrer a cargos eletivos. Em setembro de 2017, tornou-se diretor-presidente da Companhia Brasileira de Trens Urbanos(CBTU). Depois desse último cargo no serviço público, passou a dedicar-se à iniciativa privada.