A trajetória política de João José Pereira de Lyra iniciou-se em 1982, quando foi o primeiro suplente pelo PDS na chapa de Guilherme Palmeira para o senado da República. A chapa foi vitoriosa com 259.581 votos (56,17%). Em janeiro de 1989, João Lyra assumiu a vaga no senado em virtude da eleição de Guilherme Palmeira para a prefeitura de Maceió no pleito de 1988.

Nas eleições de 1986, João Lyra foi candidato pelo PMDB ao senado da República. Nesse pleito foi extinto o voto vinculado, porém, a sublegenda foi mantida. Na Frente Popular, os candidatos foram Lauro Farias e Freitas Neto, cada um com uma legenda própria. No PMDB, Mendonça Neto e João Lyra estavam na mesma legenda e Téo Vilela e Rubens Vilar na outra legenda. No PFL, uma legenda foi ocupada por Divaldo Suruagy e na outra legenda por Mendes de Barros e João Azevedo. Os dois vitoriosos foram Divaldo Suruagy com 334.137 votos (27,63%) e Téo Vilela com 298.185 votos (27,53%). João Lyra foi o quarto colocado com 121.709 votos (10,06%).

João Lyra, nas eleições de 1990 foi candidato pelo PSC ao senado da República pelo Estado de Roraima. Lyra obteve 15.053 votos (9,61%), ficando em quinto lugar dentre as três vagas em disputa.

Nas eleições de 2002, João Lyra foi candidato a deputado federal pelo PTB com uma votação de 112.949 votos, ficando em primeiro lugar dentre as nove vagas em disputa. Com uma campanha multimilionária, determinou a sua expressiva votação.

João Lyra, nas eleições de 2006 foi candidato pelo PTB ao Governo de Alagoas, ficando em segundo lugar com uma votação de 400.678 votos (30,51%). Manteve-se durante o processo eleitoral em primeiro lugar nas pesquisas, porém, durante o pleito foi perdendo fôlego e Instituto  IBOPE já apontava isso nas suas pesquisas. Apesar de uma campanha multimilionária, o candidato teve uma performance muito fraca no guia eleitoral e no debate de véspera da TV Gazeta, seu desempenho foi abaixo da crítica.

Nas eleições de 2010, João Lyra foi candidato pela segunda vez para deputado federal pelo PTB. Obteve 111.104 votos, ficando em 4° lugar dentre as nove vagas em disputa.

Após as eleições de 2010, João Lyra não voltou mais a concorrer a cargos eletivos, passando a se dedicar às atividades empresárias.

A justiça decretou a falência do grupo João Lyra e atualmente ele saiu de cena também das atividades privadas.

Lamentável que um personagem que protagonizou por tanto tempo na história de Alagoas tenha finalizado a sua história pessoal de forma tão inglória.