Os detentos que partipam do Enem 2009 farão as provas nos dias 5 e 6 de janeiro de 2010, às 13h, nas unidades prisionais que fizeram as inscrições dos seus presos e que mantenham programas especiais de ensino médio. A aplicação especial foi decidida dentro do sistema logístico de segurança do Enem.
Segundo o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep), o nível de dificuldade da prova será o mesmo do Enem regular, mesmo que as questões sejam diferentes. Ainda de acordo com o Inep, isto será possível graças à utilização da Teoria de Resposta ao Item (TRI), modelagem estatística para avaliação de habilidades e conhecimentos, na elaboração da prova do Enem deste ano e de agora em diante.